Trị giá khấu trừ là phương pháp được áp dụng khi phương pháp trị giá giao dịch không xác định được trị giá hải quan của hàng hóa nhập khẩu. Trị giá khấu trừ được căn cứ vào đơn giá bán hàng hóa nhập khẩu, hàng hóa nhập khẩu giống hệt hoặc hàng hóa nhập khẩu tương tự trên thị trường nội địa Việt Nam theo qui định và trừ các chi phí hợp lí, lợi nhuận thu được sau khi bán hàng hóa nhập khẩu.