Cục Thuế xuất nhập khẩu là đơn vị trực thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan thực hiện quản lí nhà nước về thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; Trực tiếp tổ chức thực hiện nghiệp vụ về thuế và thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.