Cục Quản lí rủi ro là đơn vị có chức năng trong tổ chức triển khai thực hiện, áp dụng quản lí rủi ro và quản lí tuân thủ trong quản lí hải quan; Tổ chức thực hiện thu thập, xử lí thông tin hải quan; xây dựng, quản lí áp dụng tiêu chí; quản lí, đánh giá tuân thủ, phân loại rủi ro và tiến hành các biện pháp, kĩ thuật nghiệp vụ quản lí rủi ro trong hoạt động nghiệp vụ hải quan.