Cục Kiểm tra sau thông quan là đơn vị trực thuộc Tổng cục Hải quan, có chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quản lí, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra các đơn vị trong ngành hải quan thực hiện công tác kiểm tra sau thông quan và quản lí nhà nước về hải quan đối với doanh nghiệp ưu tiên.