Cơ cấu tổ chức quản lí vận hành dự án đầu tư được hiểu là hình thức tổ chức quá trình quản lí sản xuất kinh doanh của dự án được đặc trưng bởi thành phần, số lượng các bộ phận quản lí và cả hệ thống qui chế qui định nhiệm vụ, quyền hạn và những mối liên hệ tác động qua lại giữa các bộ phận trong nội bộ cơ cấu tổ chức của dự án.