Thanh toán bù trừ điện tử là thực hiện việc chuyển khoản và thanh toán qua mạng máy tính giữa các tài khoản được mở tại các ngân hàng khác hệ thống hoặc ở các Kho bạc Nhà nước trực thuộc cùng một Kho bạc Nhà nước trên phạm vi một địa bàn nhất định hoặc khác địa bàn nhưng có tham gia thanh toán liên kho bạc nội tỉnh trên mạng diện rộng.